Begleitband bei Künstlern wie Gerhard Gundermann, Billi Bragg und Udo Lindenberg.

Seit 1996 ist er Tonmeister an der Volksbühne am Rosa Luxemburg Platz, Berlin. Ein wichtiger Aspekt seiner künstlerischen Tätigkeit ist die Zusammenarbeit mit Helmut Oehring. So war er der Hauptdarsteller in dessen Bühnenwerken Wozzeck [2004] und Kobayashi [2005]. Außerderm komponiert Jörg Wilkendorf für Hörspiele und für literarischmusikalische Projekte. Als Gastmusiker nahm er bei der Münchener Biennale, beim Festival di Spoleto und beim Opera Festival Almeida teil. Zusammen mit Gabriela Zorn und Peter Wawerzinek gründete er die »Laboratorium- Reihe« [Musik und Literatur] im Theater unterm Dach, Berlin.